Kawasan TNKpS berpotensi besar untuk pengembangan wisata bahari, mengingat letaknya yang dekat dengan ibu kota negara (Jakarta), sehingga menjadikan kawasan ini mempunyai peluang pengembangan yang baik. Sejalan dengan perkembangan kota-kota besar, maka semakin banyak orang yang menginginkan kembali ke alam. Kegiatan-kegiatan wisata bahari yang dapat dilakukan di dalam kawasan taman nasional antara lain menyelam (scuba diving) pada beberapa spot selam (terdapat 26 spot selam), snorkeling, memancing, wisata pendidikan (penanaman lamun, mangrove, serta rehabilitasi karang, penyu sisik, elang bondol), berjemur di pantai, berkemah, dan lain-lain. Panorama laut di wilayah ini menjadi daya tarik alamiah bagi wisatawan. Panorama seperti pada saat matahari terbit dan matahari terbenam menjadi daya tarik tersendiri. Beberapa pulau di dalam kawasan Taman Nasional telah dikembangkan menjadi resort-resort wisata, dengan sarana pariwisata antara lain dengan dibangunnya dermaga, anjungan pengunjung, restoran dan pondok-pondok inap oleh pihak swasta. Jumlah pulau yang wilayah perairannya berada di kawasan TNKpS berjumlah 76 buah di mana dari jumlah tersebut tercatat 20 buah yang telah dikembangkan sebagai pulau wisata, 6 buah pulau yang dihuni penduduk dan sisanya dikuasai perorangan atau badan usaha.
